それでは腸内細菌はどこから人間の腸内に入って棲みつくのでしょうか。前述したように赤ちゃんは母体の羊水にいるときは無菌です。

出産時に産道ではじめて外界の細菌に感染することになります。赤ちゃんの便の細菌の分布(菌叢という)は生後5日目ぐらいまでは色々な腸内細菌が認められますが、5日以降はビフィズス菌が優勢になります。

しかし、これは母乳栄養児に顕著なことで人工栄養児の場合はやや異なります。人工栄養児の場合、ビフィズス菌が少なく一般の腸内細菌が多い傾向があります。

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